Через несколько месяцев, весной 1942 года, Кузнецов под именем немецкого офицера Пауля Зиберта, вел разведывательную деятельность в оккупированном немцами городе Ровно, передавая сведения в партизанский отряд. Ему удалось узнать о подготовке фашистами наступления на Курской дуге.
Около 16 месяцев (с октября 1942 года по весну 1944 года,) он находился в занятом гитлеровцами Ровно, постоянно расширяя число контактов. Общаясь с немцами, Николай Иванович, выдавал себя за немца. Кузнецов не просто изображал немца, он стал им, заставлял себя даже думать по-немецки.
Николай Иванович несколько раз пытался осуществить своё главное задание – физическое уничтожение рейхскомисара Украины Эриха Коха (весна 1943 года). 
16 ноября 1943 года Кузнецов провёл свою последнюю ликвидацию в Ровно – был убит глава юридического отдела Рейхскомиссариата обер-фюрер Альфред Функ.
Зимой 1944 года командир Кузнецов получил приказ отправляться вслед за отступающими немецкими войсками с остановкой во Львове. Вместе с Кузнецовым выехали разведчики Иван Белов и Ян Каминский. Во Львове он совершает ряд терактов – в частности, были ликвидированы шеф правительства дистрикта Галиция Отто Бауэр и начальник канцелярии правительства генерал-губернаторства доктор Генрих Шнайдер.
Кузнецов убил имперского советника генерала Геля, похитил командующего карательными войсками на Украине генерала фон Ильгена, совершал диверсии. Погиб в бою. Посмертно удостоен звания Героя Советского Союза.
Легендарному разведчику Николаю Ивановичу Кузнецову у здания Тюменского государственного университета Северного Зауралья в 1967 году установлен памятник и памятная доска. 
Николай Иванович Кузнецов – советский сотрудник органов государственной безопасности, разведчик, лично ликвидировал 11 генералов и высокопоставленных чиновников оккупационной администрации нацистской Германии.
2025 год начался с известия, что исполнительный комитет городского совета Львова принял решение о переносе чудом сохранившегося до сего дня мемориального комплекса "Холм славы", в ходе которого планируется эксгумация останков бойцов Красной Армии, в том числе разведчика Николая Кузнецова, и их перезахоронение.